在二○○三年的时候...
由于使用精密的数位密码技术来隐藏对美国的威胁已日益增多了，美国政府为了要对付这些可能造成国家安全危机的技术做出一些行动来遏止他们的发展，因此国家安全局 (NSA) 已开始针对此研发了一些新的技术。这个最高机密的行动将授予第三梯队 (Third Echelon)，而他们将以最古老经典的谍报活动，再加上一些最新的监视及战斗技术，来深入敌方的领域以取得更进一步的资料。不过如果以传统的谍报方式仍不能取得这些可能危及国家安全的情报时，美国政府将授权给第三梯队去执行清除的实际行动。
不过美国政府却不承认第三梯队的存在，但第三梯队的部署实际上也就是我所知的 Splinter Cells，这是一个由一群精英谍报人员所组成的小队，不过他们都是单独行动，但他们的身后都会有一个在其他地方的小组支援，因此，这也就是他们小队名称的由来，因为他们就像玻璃碎片一样，小而尖锐且几乎是看不到的。
二○○四年的三月四号，中央情报局 (CIA) 和国家安全局的官员联络，讨论有关他们两位失踪的干员 - 艾莉森梅迪逊 (Alison Madison)，她是 CIA 派驻到前苏维埃乔治亚共和国 (Soviet Republic of Georgia) 的间谍。另一位干员则是伯劳斯坦 (Blaustein)，他则是被派去找出梅迪逊的下落，但是他的行踪也在前几天消失在该国的首都中。有关当局害怕这两位干员会在这些恐怖份子的威胁恐吓下泄露出机密，因此第三梯队决定派出山姆费雪 (Sam Fisher) 去找出他们的下落，以进一步地评估形势。
而你将要扮演的就是山姆费雪。你将要深入敌区但是却不留下任何足迹。记住，虽然杀人可以保有密秘的行动，但是留下证人或是任何没藏的尸体将会导致任务的失败，要记住，你是不存在的人，因为你是 Splinter Cell。
角色介绍
山姆费雪 (Sam Fisher)
山姆费雪在过去的几年曾经参与了许许多多的涉及各国冲突的谍报活动，他在这些活动中深入前线，且成功地完成多项任务，他可说是这方面的专家，他在各个方面的能力都是受到肯定的，虽然如此，他仍相信在过去他能成功地生存到现在，有时候还是要靠一点运气，他深知他也是个人，也是会犯错的，但是他的泠静的思考及敏锐的感觉，及过人的观察力让他完成了许多艰难的任务。不仅如此，不论在战斗技巧或是谍报活动，他都受过良好的训练，也因如此，他的幽默感却让人觉得有点怪，不过，私底下他是个很爱女儿的父亲。
厄文郎伯 (IRVING LAMBERT)
他是第三梯队的协调者，主要是负责在干员和其他队员像是研究人员、电脑骇客、战略军事家及指挥者之间的联络事宜。他会藉由通讯器与费雪联络，向他简报在每个任务所要完成的目标，当费雪到了一个新的地点，他就会用植在皮下的晶片先与郎伯联络以确定完成目标。
维农威克斯 (VERNON WILKES)
一九六七年生，他是第三梯队后援部队的一员，主要的工作是提供干员们交通工具及装备。而这些交通工具通常是在行动地点取得 或是偷来，在完成任务后就会将之丢弃，此外，他也负责干员们的装备和武器，在这个游戏中，一但费雪获取新的装备或武器时，他将会对其做报告。
安娜葛林斯多提尔 (ANNA GRIMSDOTTIR)
她是第三梯队通讯组的负责人，主要是负责一个写程式的小组，而这个小组的工作在于提供最新的科技、解码，及支援干员所需有关任务的资料，她将会协助费雪让他熟悉在任务中所要用到的高科技产品。
尼可劳斯 (Kombayn Nikoladze)
利用他在政治上、科技上及财力上的影响力，他顺利地选上了乔治亚共和国的总统，但他的野心决不只于此。
格林柯 (Vyacheslav Grinko)
过去曾是 Ex-Spetsnaz (俄罗斯的特种部队)，他现在则在尼可劳斯所组成的俄罗斯秘密集团中当中尉。
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